"The Maze Runner" mengisahkan tentang Thomas (Dylan O'Brien) secara tiba-tiba terbangun di tempat bernama Glade. Glade merupakan sebuah labirin raksasa dan dikelilingi oleh makhluk-makhluk mengerikan yang disebut Grievers. Setelah terbangun di tempat asing, Thomas juga tidak ingat apapun selain nama depannya. Glade dihuni oleh banyak remaja, semuanya memiliki pekerjaan khusus. Seiring waktu, Thomas mengetahui bahwa anak-anak tersebut telah berusaha untuk keluar dari labirin selama dua tahun dan sengatan dari Grievers dapat mengembalikan ingatan mereka dari masa lalu.

Setiap hari, beberapa anak akan mencoba memetakan pola yang selalu berubah dari dinding labirin tersebut. Setiap bulan ada seorang anak yang baru, tetapi setelah seorang gadis tiba dengan pesan mengatakan bahwa dia adalah yang terakhir, gadis itu justru mengalami koma. Thomas menyadari dirinya dapat mendengar gadis itu berbicara di kepalanya dan ketika dia terbangun, mereka bersatu bersama dengan lainnya mencoba mencari cara untuk melarikan diri.