Sinopsis flm "Sunya" menceritakan tentang tokoh bernama Bejo yang mengalami sebuah perjalanan hidup spiritual nan-surreal dan enigmatic. Semenjak sang ibu meninggalkannya, Bejo, 5 tahun, kerap mengalami kejadian-kejadian yang aneh, dari mulai Gadis kecil yang muncul dan menghilang di pinggir hutan, Peri-peri menari untuknya, Sahabat gaibnya Rohman selalu menemani, melindunginya, namun juga mengambil bagian miliknya, hingga Raksasa Buto yang selalu melamar  untuk jadi sahabatnya. Kejadian itu mengisi kehampaan hati sepanjang hidup Bejo. Bejo hidup tak lagi bisa membedakan realitas dan dunia dongengnya., Ia tumbuh didampingi masa kecilnya yang kekal bersamanya.

30 tahun kemudian hasrat meminang wanita Idamannya, Raisya, tercapai, tapi itu malah membuatnya dituduh memelet Raisya oleh orang-orang sekitarnya. Situasi semakin kompleks saat ia berusaha mati-matian menolong neneknya yang menderita karena  sekarat berkepanjangan. Dokter tidak melihat sebuah gejala sakit, namun Nenek Bejo tidak bisa sehat ataupun meninggal dunia. Kesembuhan neneknya adalah sebuah hal mutlak  yang harus dibayar Bejo dari sebuah  tradisi pengabdian pada orang tua.

Bejo berupaya dengan cari non medis: perklenikan untuk penyembuhan sang Nenek. Belakangan baru ia ketahui, bahwa konsekuensi yang harus ia jalani dari upaya terakhirnya ini tidaklah main-main,karena ternyata berhubungan dengan kemisteriusan hidup masa kecilnya.