"Battle of Surabaya" menceritakan petualangan MUSA, remaja tukang semir sepatu yang menjadi kurir bagi perjuangan pejuang arek-arek Suroboyo dan TKR dalam peristiwa pertempuran dahsyat 10 November 1945 di Surabaya. Cerita dibuka dengan visualisasi dahsyat dari pemboman kota Hiroshima oleh Sekutu yang menandakan menyerahnya Jepang. "Indonesia merdeka, itu yang kudengar di RRI, Jepang menyerah!!" kata Musa. Tapi langit Surabaya kembali merah dengan peristiwa Insiden Bendera dan kedatangan Sekutu yang ditumpangi oleh Belanda.

Belum lagi gangguan oleh beberapa kelompok pemuda Kipas Hitam yang dilawan oleh Pemuda Republiken. Residen Sudirman, Gubernur Suryo, Pak Moestopo, Bung Tomo dan tokoh-tokoh lain membangkitkan semangat arek-arek Suroboyo pemuda Indonesia bangkit melawan penjajahan. Musa dipercaya sebagai kurir surat dan kode-kode rahasia yang dikombinasikan dengan lagu-lagu keroncong dari Radio Pemberontakan Rakyat Indonesia yang didirikan Bung Tomo. Berbagai peristiwa dilalui Musa sebagai kurir, kehilangan harta dan orang-orang yang dikasihi menjadi konsekuensi tugas mulia tersebut.

Cerita ini merupakan cerita adaptasi dari peristiwa 10 November 1945 Surabaya. Selain tokoh-tokoh nyata, terdapat tokoh fiktif yang sengaja dibuat untuk memperkuat pesan yang ingin disampaikan. Pesan perang tentang semangat, cinta tanah air, dan perdamaian.