"Malaikat Kecil" menceritakan tentang Budi (Dwi Sasono), penderita autis, bersama keluarganya datang ke Jakarta untuk mengadu nasib. Ia berusaha menepati janji untuk membelikan baju baru pada anaknya, Ratih (Rachel Patricia) dan Iyan (Delon), jika mereka mampu puasa sebulan penuh selama Ramadhan.

Nasib bicara lain. Sepeda yang dipakai untuk berkeliling berjualan ikan hias tertabrak mocil yang ditumpangi orang kaya. Ketika mendekati Lebaran, tiba-tiba Iyan terserang demam berdarah dan harus dirawat di yayasan kesehatan.

Budi tetap yakin bisa menepati janjinya. Budi mendapat pekerjaan sebagai kuli bangunan puluhan kilometer dari rumahnya. Saat kembali ke yayasan kesehatan untuk menjemput istri dan anaknya sekaligus menyelesaikan pembayaran biaya rumah sakit, ternyata istri dan kedua anaknya sudah tidak ada disana.

Dengan sepedanya Budi berkeliling mencari keluarganya. Secara tak sengaja uang hasil kerja kerasnya pun jatuh. Budi kehilangan harapan dan berniat bunuh diri. Ia diselamatkan oleh seorang nenek buta yang mau menyeberang jalan. Budi menolong sang nenek dan melupakan rencana bunuh dirinya.