"Hitman: Agent 47" akan mengisahkan seorang pria yang diciptakan dari sebuah rekayasa genetik dan sempurna sebagai mesin pembunuh. Dia hanya dikenal sebagai Agen 47 (Rupert Friend), angka tersebut berasal dari dua digit terakhir pada tato barcode di bagian belakang kepalanya. Agen 47 adalah puncak dari puluhan tahun penelitian dan kloning agen sebelunya dengan kekuatan, kecepatan, stamina dan kecerdasan dia atas manusia normal.

Target terbarunya adalah mencari Katia van Dees (Hannah Ware), dia adalah putri dari orang yang menciptakan "The Agent Program" dan dari program tersebut telah menciptakan Agen 47. John Smith (Zachary Quinto) yang mengetahui hal ini berusaha menyelamatkan Katia dengan berbagai cara.