Sinopsis film "Senjakala di Manado" bermula setelah hampir 20 tahun meninggalkan keluarga, Johny WW Lengkong (Ray Sahetapy), pelaut, kembali ke Manado. dengan harapan Oma Marlene (Rima Melati), mamanya, dan Lucy, istrinya yang ditinggalkan di malam pertama pernikahannya, mau menerima dan memaafkannya. 

Ternayata Lucy telah meninggal dunia dengan meninggalkan seorang anak bernama Pingkan. Johny berjanji akan mengurus Pingkan, anak kandungnya, yang selama ini tahu kalau papanya sudah meninggal. Niat baik Johny membahagiakan keluarganya terutama Pingkan, ternyata tidak mudah. Pingkan merasa kehadiran Johny mengganggu kehidupan asmaranya dengan Brando, kekasihnya. Johny yakin kalau Brando itu sosok dia waktu muda: laki-laki yang suka mempermainkan perempuan. Johny melihat Brando bersama seorang wanita muda yang sedang mabuk di sebuah pub di malam hari. Johny tidak mau Pingkan jatuh ke tangan seorang playboy Terjadilah konflik antara Johny dengan Pingkan.